Desde el Congreso de Cúcuta en 1821, en el que se creó la Gran Colombia, los diputados habían promulgado leyes que limitaban el poder de la iglesia católica en el ejercicio de la educación y la vida política del país. Entre las medidas tomadas, estaban el fin de la Inquisición y el cierre de los monasterios que tuvieran menos de 8 personas habitando su sede. Dicha decisión legislativa, contaba con el apoyo del arzobispo de Bogotá. A pesar de esas medidas, la Iglesia conservó apoyo popular, y por lo tanto, siguió siendo actor fundamental en la política del país.
En medio del agitado ambiente político, los candidatos para las elecciones presidenciales de 1837 fueron el liberal José María Obando propuesto por el general Santander, y José Ignacio de Márquez, también liberal pero más moderado.
A pesar de que Obando era favorito, Márquez logró el triunfo. Esto causó mucho descontento entre los partidarios y del propio general de Santander, quien hasta los últimos días de su existencia fue intrigante, ambicioso y enemigo personal del Libertador.
De esta forma, los progresistas se convirtieron en el primer partido de la oposición. En ese momento, a ellos se sumó la Sociedad Católica, ya que consideraba que Márquez era más antirreligioso que Obando.
A los pocos meses de la formación del gobierno, el presidente José Ignacio de Márquez, tuvo que sustituir a los santanderistas que quedaban en su equipo. En su lugar nombró a dos antiguos bolivarianos, Pedro Alcántara Herrán y Tomás Cipriano de Mosquera.
Pocos días después, los partidarios de Santander y de Obando, publicaron en su periódico unos artículos reviviendo la llama del federalismo. Los dirigentes afines de algunas provincias comenzaron a pedir una reforma constitucional en ese sentido.
Cuando Márquez pretendió hacer cumplir la ley sobre los monasterios menores y dispuso su cierre. De acuerdo a la ley, que iba a afectar a la zona de Pasto, la venta de los bienes obtenidos tras el cierre de los conventos se destinaría a las organizaciones educativas, muchas de ellas religiosas.
La medida del cierre de los conventos encontró la férrea oposición del padre Francisco de la Villota y Barrera, superior del Oratorio de San Felipe Neri, quien dotado de habilidades histriónicas instigó a los habitantes de Pasto, que enseguida se pusieron del lado del religioso. La rebelión fue apoyada por José María Obando, quien se declaró Supremo Director de la guerra y obtuvo el respaldo de la guerrilla del Patía, dirigida por Juan Gregorio Sarria.